Omicron: Fiche technique

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Depuis une semaine, ce nouveau variant du Covid-19 a pris le monde en grippe. Les frontières se ferment, les listes de pays à risque arborent toutes les nuances de rouge, et les agences de santé sont sur le pied de guerre. Entre-temps, les questions s’accumulent et les réponses tombent au compte-gouttes. Que sait-on réellement de cet énième variant ?

Mutations

Le variant Omicron a surpris la communauté scientifique car il présente beaucoup plus de mutations que les autres. De la trentaine de mutations notées, plusieurs sont connues ; d’autres apparaissent pour la première fois. Onze sont toutes nouvelles et jusqu’à l’heure, il semble impossible de définir leur rôle. Six autres sont aussi nouvelles et, selon les informations disponibles, elles représentent un danger en termes de transmissibilité ou de virulence. Trois, par rapport à leur location sur le virus, laisseraient penser qu’elles ne sont pas innocentes, mais comme elles sont aussi nouvelles sur les variants of concern, il n’y a aucune information actuelle sur leur fonction. Une mutation, présente sur tous les variants, ne pose aucun problème.

En revanche, neuf autres, déjà notées sur d’autres variants, sont connues pour rendre le virus plus transmissible et plus apte à échapper au système immunitaire, tout comme la P681R, identifiée comme la mutation ayant facilité la reproduction du Delta dans les cellules. Cependant, selon un article paru dans The Lancet du 2 décembre, il faudra attendre encore un peu pour savoir comment ces mutations, y compris les nouvelles, vont interagir entre elles.

Origine

L’origine de ce variant, séquencé pour la première fois en Afrique du Sud le 25 novembre, a été retracée au Botswana le 11 novembre. Les chercheurs étaient sur la piste du variant C 1.2 quand ils ont découvert ce mutant. Depuis, la communauté scientifique a salué les efforts des chercheurs en Afrique du Sud pour la rapidité avec laquelle ils l’ont découvert et leur communication claire. Dès sa découverte, le variant Omicron a été détecté dans plusieurs pays, de Hong-Kong à la Grande-Bretagne, en passant par l’Arabie saoudite. Aux Pays-Bas et en Irlande, des transmissions locales ont déjà été rapportées.

Virulence

Pour l’instant, il est impossible de se faire une idée claire. Les informations obtenues jusqu’à l’heure des patients sud-africains démontrent que les symptômes sont légers. Cependant, il s’agit d’une population jeune. Il faudra attendre au moins deux semaines, le temps d’incubation du virus et la manifestation de symptômes liés au Covid-19, pour définir s’il est plus virulent ou pas.

Transmissibilité

Encore une fois, pas assez d’informations pour la confirmer. Cependant, l’article du Lancet précise que si une extrapolation des mutations connues est faite, il se peut que le virus soit davantage transmissible. D’ailleurs, c’est une croissance de cas en Afrique du Sud qui a fait que l’équipe de chercheurs s’y est intéressée. De plus, il semble que, malgré la présence du Delta et un fort taux d’immunité naturelle, les cas d’infection d’Omicron sont en hausse, ce qui laisse supposer qu’il détrônera vite le Delta si la tendance se maintient. Ce variant est à l’origine de beaucoup de cas de réinfection.

Vaccins et traitements

Jusqu’à l’heure, la majorité des vaccins ont contribué à baisser le nombre de décès et d’hospitalisations, même avec leur efficacité réduite face aux variants. Tout laisse croire, selon le Lancet, qu’Omicron ne sera pas une exception, même si les fabricants ont fait savoir qu’un vaccin adapté serait très vite sur le marché. Quant aux traitements, pour l’instant, la communauté scientifique pense que les protocoles et médicaments existants seront efficaces. Cependant, le flou persiste quant aux traitements monoclonaux, dont des données sont attendues.

Source : Jeffrey Barett (Twitter @jcbarret)
En rouge: les mutations «dangereuses». En mauve: vues pour la première fois sur un «variant of concern». En jaune: auront probablement un effet sur le comportement du virus. En bleu: mutations vues pour la première fois. En vert: mutations présentes partout.
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