Covid-19 - Variant Omicron: une Mauricienne fait partie de l’équipe qui a découvert le «monstre»

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One ne parle que de lui depuis quelques jours. Il faut dire que sa virulence fait peur. Le variant B.1.1.529 a été baptisé Omicron. Une Mauricienne faisait partie de l’équipe qui est tombée nez à nez avec ce «monstre»...

À peine apparu, il a infecté toutes les conversations sur le Covid-19. Le variant, nommé Omicron, a été classé variant of concern par l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Ses 32 mutations inquiètent, à tel point que 24 heures après l’annonce de sa découverte, il a mobilisé non seulement l’OMS mais les scientifiques et les gouvernements à travers les continents. Houriiyah Tegally, une chercheuse mauricienne, faisait partie de l’équipe qui a mis au jour ce monstre. Elle raconte.

Elle prépare son doctorat en bio-informatique avec l’université du KwaZulu-Natal en Afrique du Sud. D’ailleurs, elle y était récemment pour offrir une formation sur le séquençage. «Il n’y avait presque pas de cas là-bas, à peine 100 à 200 par jour. Je me sentais en sécurité», explique-t-elle. La ‘courbe’ était plate pendant un bout de temps, mais à un moment, le nombre de cas positifs a grimpé. Face à cette nouvelle flambée, l’équipe de recherche dont elle fait partie, la KwaZuluNatal Research and Innovation Sequencing Platform, en collaboration avec le National Institute for Communicable Diseases (NICD) de l’Afrique du Sud, décide d’enquêter. L’aide du réseau de laboratoires de séquençage est alors sollicitée. Au début, ils partaient sur la piste du variant C 1.2, qui traînait dans les parages depuis quelque temps sans causer trop de dégâts, au niveau de la transmission du moins.

«Nous cherchions à savoir si c’était des clusters localisés et s’il y avait des super-spreaders», raconte Houriiyah Tegally. À un moment, un des laboratoires impliqués a signalé une anomalie sur un des gènes du virus. C’était l’indication d’un nouveau variant. Pour en avoir le cœur net, la NCID a séquencé l’échantillon en question et là, stupeur. Un variant avec 32 mutations. Un «monstre» jamais vu auparavant et qui risque de changer la donne dans le combat de la pandémie. Plusieurs mutations présentes étaient déjà connues, mais c’était non seulement la première fois qu’un variant avec tant de changements était découvert, mais aussi la première fois que tant de mutations présentes dans les autres variants étaient présentes dans un même virus. Par exemple, rien que sur la partie du virus responsable de pénétrer les cellules, le B 1.1.519 contient 10 mutations par rapport au virus original, alors que le Delta, considéré comme le virus le plus transmissible de l’histoire de la médecine, n’en avait que deux...

L’humanité est-elle en danger ? L’Omicron représente-t-il l’astéroïde et nous les dinosaures ? Houriiyah Tegally répond que non. Mais ce variant est à surveiller de près, car il n’y a pas assez de données pour dire comment les 32 mutations, dont celles qui rendent le virus plus virulent, plus transmissible et plus susceptible d’échapper échapper au système immunitaire, interagissent entre elles.

Cependant, une lueur d’espoir subsiste. Ce virus présente tant de mutations qu’une partie de la communauté scientifique juge qu’il est instable et de ce fait, disparaîtra de lui-même.

Ils sont chez nous…

Selon une réponse parlementaire à la députée Karen Foo Kune-Bacha le 26 octobre, depuis le début de la deuxième vague en mars, deux variants sont en circulation dans la communauté à Maurice. Le Delta a été séquencé pour la première fois dans la communauté dans un lot d’échantillons collectés entre le 6 et le 23 septembre. Pour rappel, ce variant est 40 % à 60 % plus transmissible que le variant Alpha, identifié pour la première fois en Angleterre. L’Alpha était lui-même 50 % plus transmissible que le virus original. Quant au B 1.1.318, dont la lignée mauricienne a été baptisée AZ.5, il était aussi plus transmissible que le virus original, mais causait des formes légères de la maladie, surtout chez les personnes vaccinées. Les autres variants détectés, soit sept cas du variant Alpha et huit cas du variant Beta, avaient tous été contenus en quarantaine.

Bio-express

Depuis le début de la pandémie, Houriiyah Tegally est en première ligne, surtout en ce qui concerne la compréhension du virus. Il faut dire qu’à Maurice, les bio-informaticiens qui sont aussi virologues ne courent pas les rues. «Je fais les recherches pour mon doctorat en partenariat avec un laboratoire qui était déjà dans le séquençage pour la région africaine. Lorsque la pandémie a éclaté, l’équipe était déjà en place et savait quoi faire, cela a été un avantage.» Houriiyah Tegally a donc été parmi les premiers informés des variants qui sont apparus sur le continent ou encore des virus qui circulent à Maurice. Pour rappel, c’est l’équipe avec laquelle elle travaille qui a signé une des premières études sur le variant B 1.1.318 à Maurice. C’est la même équipe qui a découvert le variant Beta, apparu pour la première fois en Afrique du Sud. Leur dernière découverte a été le variant B 1.1.519, donc. «Comme il a été détecté très tôt par rapport aux autres, il sera plus facile de prendre les mesures qui s’imposent pour le gérer.» Mais à quoi servent ces informations, surtout que souvent, elles ne sont pas compréhensibles par tout le monde ? «Vu la conjoncture actuelle, il est primordial de comprendre le comportement du virus et des variants.» Par exemple, c’est à travers les mutations découvertes qu’il est possible de prévoir la transmissibilité ou la virulence d’un variant. Ces informations ont aidé à comprendre l’évolution de la pandémie et plusieurs instances, y compris des gouvernements, se basent sur ces découvertes pour les protocoles et recommandations. Dès son jeune âge, la jeune femme a toujours été passionnée par la biologie. Déjà, alors qu’elle était encore étudiante au collège Ébène SSS (Girls), elle savait dans quelle direction sa carrière allait prendre. Houriiyah Tegally voulait se lancer dans la branche de la biologie qui est au service de la santé publique. Après le HSC, elle s’envole pour Yale, aux États-Unis, pour son premier diplôme (NdlR, degree) en études biomoléculaires. Puis, elle prend la direction de l’Imperial College en Angleterre pour son mastère en «applied biotechnology». «La suite logique, c’était était la bio-informatique…»

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