Comment s’y retrouver dans la jungle des indicateurs du Covid-19 ? Médias et grand public sont abreuvés chaque jour de chiffres pas toujours faciles à interpréter. Voici un guide pour y voir plus clair.

Combien de cas ?

L’agence Santé publique France (SpF) publie chaque jour un nombre de nouveaux cas confirmés de Covid-19 dans les dernières 24 heures. Egalement disponible sur l’application TousAntiCovid, ce chiffre, qui a grimpé à plus de 60 000 vendredi dernier - un record - pour retomber à entre 20 000 et 35 000, révèle le nombre de cas supplémentaires enregistrés dans la base nationale Sidep (Système d’information de dépistage populationnel).

Mais «cela ne signifie pas que ces personnes ont été prélevées dans les dernières 24h», a précisé SpF à l’AFP. En effet, les résultats peuvent être enregistrés avec quelques jours de décalage et correspondre à des tests dans les laboratoires plusieurs jours plus tôt, donc à des contaminations encore antérieures. Le système a été perturbé la semaine dernière par un embouteillage informatique et aucun chiffre n’a été diffusé ce week-end.

Tous les jeudis, SpF diffuse aussi un décompte hebdomadaire des tests positifs les deux semaines précédentes, qui aboutit à des résultats différents et permet d’avoir plus de recul. Ainsi, 286 972 tests se sont avérés positifs la semaine du 2 novembre (333371 la semaine précédente), en baisse après plusieurs semaines de hausse.

Dans tous les cas, ces indicateurs ne reflètent que l’état des tests positifs, un tableau forcément incomplet des contaminations réelles. Une proportion importante de personnes touchées par le Covid-19 ne développent pas de symptômes et ne se font pas forcément tester.

Taux de positivite et d'incidence

Le taux de positivité mesure le pourcentage de cas positifs par rapport au nombre de tests. Principal intérêt: ne pas se contenter d’un chiffre brut de nouveaux cas, qui risque de monter ou de baisser parce qu’il y a plus ou moins de tests. A moins de 5% début septembre, ce taux a grimpé jusqu’à 20% ces derniers jours au niveau national, avant de repasser sous cette barre.

Mais là aussi, attention aux biais. Ce chiffre «ne représente pas la fréquence du portage du virus dans la population française, mais le portage dans la population testée», qui compte davantage «de personnes symptomatiques et de personnes contacts de symptomatiques», avertit l’épidémiologiste Catherine Hill.

Le taux d’incidence donne, lui, le nombre de nouveaux cas détectés sur sept jours pour 100.000 habitants. Encore une fois, on ne mesure que ce que l’on teste. En France, le taux d’incidence se situait encore sous la barre des 100 (96,2) la semaine du 7 septembre (sur un total de près d’1,4 million de tests) contre 497 la semaine du 26 octobre (pour 2,1 millions de tests), avant de commencer à décroître au niveau national. Là encore, il faut attendre quelques jours pour que les chiffres soient consolidés.

Le R

Le «R effectif» correspond au taux estimé de reproduction du virus, soit l’estimation du nombre moyen de personnes qu’un malade contamine. Il est calculé à partir du nombre de tests positifs, ou des passages aux urgences ou des hospitalisations pour Covid-19.

S’il est supérieur à 1, cela veut dire que la tendance est à la hausse du nombre de cas. Si le R est inférieur à 1, «l’épidémie régresse». Mais comme le précise Spf, c’est «un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (intégrant le délai entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours)».

Dans ses bulletins, l’agence appelle à ne pas interpréter cette donnée de «manière isolée», mais à la mettre en perspective «avec les autres données épidémiologiques disponibles».

Dans son dernier bulletin jeudi, Spf note que le R se situe entre 0,93 et 1,13 la semaine du 1er novembre selon le mode de calcul. En baisse dans tous les cas de figure.

Les entrées à l'hôpital et en réanimation

Pour l’ensemble des experts, la baisse des entrées pendant plusieurs jours à l’hôpital traduira forcément une baisse de la circulation du virus une à deux semaines plus tôt, le temps présumé entre le moment où l’on se contamine et où des symptômes s’aggravent. Or, on dénombrait 17 450 nouvelles entrées à l’hôpital sur les sept derniers jours au 1er novembre, puis 18.866 le 4 novembre, et entre 19 000 et 20 000 depuis, avant un reflux mercredi (18 828), qui se confirme jeudi (18 205).

Le rythme des entrées dans les services de réanimation a encore augmenté jusqu’à ces derniers jours, avec 2 605 nouvelles arrivées sur les sept derniers jours au 1er novembre, 2 884 sur la même durée le 4, et plus de 3.000 depuis le 7 novembre, sauf mercredi (2 906) et jeudi (2 845).

Avec 4.884 malades au total dans ces services, le taux d’occupation des lits disponibles en réanimation s’affiche à 96,6% sur l’application TousAntiCovid. Attention cependant, ce taux est calculé à partir du total de lits en «capacité initiale», soit environ 5 000. Le gouvernement affiche désormais une capacité de 7 700 lits, avec la possibilité de monter jusqu’à 10 400 lits.

Combien de morts? 

Santé publique France diffuse chaque jour le nombre de morts à l’hôpital de patients atteints du Covid-19, en y ajoutant, les mardi et vendredi, les décès en Ehpad. Le nombre quotidien des décès à l’hôpital a atteint 551 lundi, au plus haut depuis le début de la 2e vague. Au total, le nombre de morts s’élève selon SpF à près de 43 000, dont près de 30 000 dans les hôpitaux, le reste dans les Ehpad et les autres établissements médico-sociaux.

Ces chiffres n’incluent pas les décès à domicile, estimés à près de 1 900 entre le 1er mars et le 31 mai selon des données encore provisoires de l’Inserm, fin août.